COVID-19 v Sloveniji - podatki po dnevih

Tole statistiko vodim od začetka, tudi zato ker mi je iz objav manjkalo trendov. Glavni vir je seveda NIJZ in njihov razrez po regijah, ki ga pa za posamezne primere dopolnjujem iz podatkov iz medijev.

Vse skupaj omogoča, da imamo tudi malo več pregleda po posameznih izbruhih (žariščih), pa čeprav so podatki po dnevih lahko zamaknjeni (ker nimamo dovolj zanesljiv vir).

Če bi kdo prispeval z dodatnimi podatki ali viri, lahko doda komentar kar v dokument ali tukaj.

4 všečke

Odlično. Vsaka čast.

Glede na to da naša vlada zmanjšuje št. testiranj sem nardil primerjavo Št. novih testiranj / Št. odkritih novih primerov na dan. Mogoče za razmislit če hočeš dodat.

image

To je logična posledica, tako da nima smisla gledati več na teste in okužene kot na glavno metriko, ker je od 11. dneva pač drugačna in neprimerljiva. Je pa potrebno zastopiti, da je bil način testiranja prej zelo agresiven in so velikokrat testirali posameznike (recimo kontakte okuženih) še pred inkubacijsko dobo, kar lahko da false-negative rezultate in se testi potem ponavljajo. Kot je povedala Pirnat iz NIJZ (na njeni zadnji konferenci) smo šli v 2. fazo, kjer strogo sledenje vsakemu posamezniku ni več realno.

Delamo pa na tem, da zberemo čim več podatkov o obravnavah pacientov:

  • zdravniška oskrba
  • hospitalizacija
  • intenzivna nega (ICU)
  • kritično stanje

To bodo glavni kazalci v naslednjih dnevih in tednih.

A je kdo kej zasledil, ali so/bodo objavljali podatke o št. ljudi, ki so jim povedali, naj bodo doma in jih resno sumijo okužbe?

In dva, a že vemo za kak vir, ki bi nam omogočil ekstrapolacijo iz kritično obolelih?

Super, kaj vse zbirate. Hvala za deljenje. Mene tudi zanimata ti dve vprašanji.

Zadnje dni se sprašujem, a ne bi bilo smiselno vsaj beležiti ljudi, ki imajo simptome in so v samoizolaciji?

Meni se namreč zdi, da nismo še dovolj daleč, da bi prenehali spremljat posamezna manjša žarišča in se zanašali zgolj na podatke o številu ljudi na intenzivni negi. Poleg tega ti da spremljanje manjših žarišč več nadzora nad tem, kje se virus širi. Morda bi bilo bolje, da se nekaj dni testirala vsakega, ki se oglasi s simptomi, hkrati spremljala, kdo od teh je pozitiven in iz tega izračunala neko napako, do katere pride samo pri diagnozi glede na znake bolezni. To sem sicer do sedaj spremljala preko deleža pozitivnih rezultatov testov, glede na število testov izvedenih na nek dan. Tukaj je težava na katero je opozoril Lure, večkrat je bil test izveden na istem človeku. Informacij o tem pa ne moremo dobiti. Potem bi bilo smiselno spremljat število ljudi, ki javijo, da imajo znake in bi ekstrapolirali lahko približno število okuženih (z neko verjetno kar veliko napako). S tem bi lahko tudi spremljali, kje se bolezen širi po katerih skupinah in bolj natančno preprečili kroženje v kritične skupine. Problem je tudi, da se testira veliko zaposlenih v zdravstvu in to kar vsakodnevno. Vsaj glede na informacije iz medijev.

Drugo vprašanje o izračunu preko ekstrapolacije iz kritično obolelih. Za izračun so se kakor sem jaz razumela zanašali zgolj na ljudi na intenzivni negi (lahko da se motim). Te so danes trije, in če to pomnožimo z 26 (3,84 % naj bi bilo namreč v povprečju kritičnem stanju v populaciji) bi pričakovali, da je pri nas 78 ljudi okuženih (tako je bilo vsaj razloženo tukaj). Trenutno jih je potrjeno okuženih 253. To torej ne deluje, vsaj ne še. Je pa res da je nekaj dnevni zamik, med tem, da je nekdo na intenzivni negi in tem, da je okužen in je to lahko ta manjko. Poleg tega je vsako območje drugačno, odvisno od poseljenosti, starosti obolelih in podobno. Ravno spremljanje malih žarišč in specifika Slovenije bi verjetno omogočilo lažje in boljše spremljanje virusa. Recimo v Južni Koreji je trenutno v kritičnem stanju le 0,8 % vseh aktivnih primerov. V Sloveniji je trenuten odstotek 1,1 %. Te številke vsaj v Sloveniji bolj malo povejo. Za Južno Korejo pa so verjetno še kar točne, saj naj bi oni dejanski dosegli kar 98 % primerov okužbe, s tem, da so izvajali toliko testov. Pri tem pa je bilo večino okuženih iz mlajših starostnih skupin.

Dodajam še sliko številk, ki jih jaz spremljam, zraven je še delež pozitivnih testov, glede na dan testiranja, ki se počasi dviguje, kar je pričakovano z zmanjševanjem testiranj. Prilagam pa tudi neko tabelo, ki kroži po spletu, kjer primerja število testiranj med parimi državami in ima tudi odstotek pozitivnih naveden. Južna Koreja, ki naj bi bila dober primer, je imela 5 % pozitivnih testov. Ta trend smo mi imeli na začetku. Sicer spet ne pove veliko, ker ne vemo kolikokrat so testirali ene in iste ljudi.

Jaz mislim, da se preveč ukvarjamo z razmerji med posameznimi elementi (testi, okužbe, hospitalizacije…) in hočemo iskati neka pričakovana razmerja. Ključno je da imamo v vsaki fazi eno glavno metriko, preko katere ugotavljamo kakšno eksponentno rast imamo (faktor).

Zakaj:
V zgodnji fazi (1.faza) je merjenje okuženih logična izbira, ker jo lahko opraviš najprej (po inkubaciji od 2-5 dni) in ker tako ali tako hočeš slediti vse kontakte zaradi epidemiološke raziskave.
Slovenija je v 1. fazi delala zelo veliko testiranj (precej nad nivojem drugih držav), verjetno nekatera še pred dokončno inkubacijo in z nekaterimi večkrat.

Pri eksponentni rasti pa ne moreš nadaljevati z sledenjem vseh kontaktov in testiranjem vsakega, ki pokaže podobne znake, ker enostvno fizično ne zmoreš opraviti toliko brisov, predelati toliko testov dnevno, da še zagotoviš obdelavo v realnem času (pod 1 dnevom). To je že v petek (10 dni po pacientu 0) napovedla ga. Pirnat iz NIJZ, da prehajamo v 2. fazo in da bomo sedaj bolj gledali hospitalizirane paciente. Zakaj?
Zato ker tudi pri meritvah hospitaliziranih, intenzivne nege (ICU), kritičnega stanja lahko slediš trendom eksponentne rasti in gledaš ali je v porastu ali padcu. Če je tipičen potek recimo 3 dni za inkubacijo, 5-7 dni da se zadeve toliko poslabšajo, da oseba rabi hospitalizacijo (torej ravno po cca 7-10 dni od okužbe) in pri nekaterih še nadaljnih par dni da potrebujejo intenzivno nego (vsaj kisik, če ne ventilator), potem boš z rastjo teh številk hitro videl kam vodi trend. Če bo rast prevelika imamo problem, če pa bomo uspeli rast zaustaviti, pa pomeni da ukrepi delujejo.

Iz vidika zdravstvenega sistema je pač potrebno obvladovati omejitve, pa naj bodo to v številu testov, bolniških postelj, ICU mest ali ventilatorjev.

Jaz bom še naprej dnevno zbiral podatke, ki nam jih dajejo in spremljal trende. Najbolj pomembno mi je, da so podatki konsistentni znotraj ene metrike in da jim lahko zaupam. Pri okuženih je bilo zelo pomebno, da je prihajalo vsak dan ob istem času (14h) in da je bil zajem podoben - do sobote je bil sistem za testiranje enak, sedaj pa se zmanjšuje in zato številke ne bodo primerljive (v tabeli zato imam označeno z F2, ko je prišlo do spremembe).

Trenutno se trudim postaviti dovolj osnove, da spremljamo bolnišnični del (stanje obolelih), ker na njem bomo lahko spremljali kakšen imamo trend v naslednjem tednu ali dveh.

1 všeček

Jst se z ne testiranjem še vedno ne strinjam, tudi priporočilo WHO velja za vse države.

Kakor jaz razumem, širjenje je v začetku eksponentno. Ko se sprejmejo ukrepi, naj bi se širjenje zaustavilo. Če ukrepi delujejo, naj bi se tudi potreba po testih zmanjševala, saj naj bi ukrepi širitev virusa omejili. Vseeno sem naredila izračun. V Južni Koreji naj bi dnevno naredili (poročanje BBCja 12. marec) 20000 testov. V Južni Koreji je 51,47 mio prebivalcev. V Sloveniji nas je 2 milijona, da bi jim sledili po testiranju je to 777 testov. Med vikendom so jih v Sloveniji izvedli več kot 1000 na dan, včeraj je številka padla na 556 testov. Seveda to ni čisto primerljivo, Južna Koreja je bila zaradi preteklih epidemij veliko bolj pripravljena na to, tudi poselitev je drugačna kot po Sloveniji.

Bom pa vsekakor spremljala vse te številke še naprej.

Postavil sem tudi skupnost na Slacku, kjer zbiram ljudi, ki lahko pomagajo pri sizifovem delu s podatki:

Če je kakšen tukaj, ki bi res aktivno pomagal na tehničnem področju, se lahko javi z one-line pitchem, kaj lahko prispeva.

<3 Jaz bi ful, pa realno (še) nimam časa, ampak se ful priporočam za apdejte. :slight_smile:

Evo, ker je @muki prosil za “apdejt”.
V zadnjih dnevih smo se preusmerili na urejanje podatkov o zdravniški, še bolj pa bolniški oskrbi pacientov. Podatke zbiramo za vse tri COVID-19 bolnišnice, glede na njihove javne objave (Twitter ali preko medijev). Ker so podatki pomankljivi, vse žal ni na voljo za prezenatacijo, ampak za okus:

Ko se že vprašaš, če je to sploh vredno vloženega časa, te pa preseneti VladaRS s tole objavo:

Kvalitete grafa ne bom komentiral, mene motijo predvsem številke. Na grafu sta namreč kar dva podatka, da je bilo 12.3. hospitaliziranih 9, včeraj (20.3) pa 55 pacientov.

Za prvo napako sem jih opozoril že pred dvema dnevoma, ko so jo prvič uporabili:

Za drugo pa včeraj:

Ko ugotovim, da lahko samo s takšnim zbiranjem ugotovimo takšne “napake”, nam to da energijo da vztrajamo…

1 všeček

Amazing. Keep up the good work!

Also ful lepo, da čekirate še vladne kanale in opozarjate na “napake”. To je ta trenutek neizmerno pomembno. <3

1 všeček

Sem dal tudi poziv novinarjem, da te številke razjasnimo, ker trenutno je samo zmeda:

Če ima kdo kak novinarski kontakt, bom vesel če bo posredoval zgodnji poziv!

Se je pa odzval UKC LJ s pojasnilom:

Naši podatki sledijo njihovemu navodilu, saj je glavni vir podatek direktno od UKC LJ in UKC MB objavljen ponavadi med 14-15h.

Danes nadaljujejo zmedo z podatki iz Kriznega štaba RS:

Res je težko delat tole in ne zgubiti voljo…

Podatke še vedno z več ali manj sreče zbiramo, brez OCR še vedno težko dobiš številke iz slik :roll_eyes:, ampak se zato trudimo, da vsaj naši podatki do javnosti pridejo v bolj uporabni obliki.

BTW, ker ste tukaj iz Parlametra ekipa: a nas lahko povežete z razvijalcem, ki je za vas delal ParlaCards - kolkor sem videl jih ne podpirate več, ker nimate podpore za Vue?

Za strežnik z ljubeznijo skrbi Danes je nov dan.